離婚の際の年金分割では、請求すべき按分割合について当事者の協議が調停などで決まらないときは、審判で決めることになります。
按分するときの割合ですがこれを何割まで分割できるかは対象の期間相当部分の半分が最大とされ、「対象期間における保険料納付に対する当事者の寄与その他一切の事情」を考慮してきめることになっています。ただ、実際には、その割合は0.5とすることで、実務が確立してしまっています。対象の期間は同居期間ではなく、婚姻期間に納付した保険料をベースに考えるので、別居がかなり長くても、その期間が婚姻期間と同様に計算されてしまいます。

財産分与が同居期間に形成されたものをベースにすることとのバランスはどうなのか？と思いますが、実務はそうなってしまっています。
保険料の納付は、別居していてもそれぞれの老後の生活のためのものなので、共同で納付したものと考えるべきということなのでしょうかね。